Η ποιότητα του νερού είναι κομβικής σημασίας για την σωστή ανάπτυξη της φυτείας αλλά και την καλή λειτουργία του εξοπλισμού στις υδροπονικές καλλιέργειες και  η χρήση συστημάτων επεξεργασίας νερού είναι απαραίτητη. 

Φίλτρα

Στις υδροπονικές καλλιέργειες γίνεται εκτεταμένη χρήση φίλτρων, λόγω του μεγάλου αριθμού αντλιών στα επιμέρους συστήματα, προφυλάσσοντας έτσι τον εξοπλισμό από βλάβες και διασφαλίζοντας την συνεχή και απρόσκοπτη λειτουργία του. Χρησιμοποιούνται κυρίως σακόφιλτρα, φίλτρα δίσκων και σίτας, ανάλογα με τις απαιτήσεις του κάθε συστήματος και την ποιότητα του παρεχόμενου νερού.

Οι μεγάλες απαιτήσεις νερού στις υδροπονικές καλλιέργειες καλύπτονται τις περισσότερες φορές με την δημιουργία γεωτρήσεων. Όμως τις περισσότερες φορές το νερό των γεωτρήσεων απαιτεί κατάλληλη επεξεργασία πριν από οποιαδήποτε χρήση στη μονάδα. Η πρώτη επεξεργασία απομακρύνει τα στερεά ιζήματα (μεγάλο φορτίο) όπως η άμμος και το χώμα που συχνά εμφανίζονται στις γεωτρήσεις. Για την απομάκρυνση των στοιχείων αυτών εγκαθίστανται  υδροκυκλωνικά φίλτρα, φίλτρα άμμου και σακόφιλτρα. Αν ακόμα το νερό περιέχει υψηλά ποσοστά αλατότητας, ασβεστίου , σιδήρου ή άλλων στοιχείων που το καθιστούν ακατάλληλο για χρήση, απαιτείται η εγκατάσταση του  συστήματος αντίστροφης όσμωσης. Η αντίστροφη όσμωση (RO) είναι μια μέθοδος φιλτραρίσματος που αφαιρεί πολλούς τύπους μεγάλων μορίων και ιόντων από το διάλυμα με την εφαρμογή πίεσης, όταν το διάλυμα βρίσκεται στη μία πλευρά της επιλεκτικής μεμβράνης. Ως αποτέλεσμα τα στοιχεία συγκρατούνται  στην υπό πίεση πλευρά της μεμβράνης και ο καθαρός διαλύτης αφήνεται να περάσει στην άλλη πλευρά.